tach:
Vas mucho más bien encaminado de lo que crees. En realidad al que le tocaría pagar el IAJD de una hipoteca siempre es al banco, porque se trata de una escritura que sirve para inscribir un derecho en el Registro de la Propiedad a favor del banco. Lo que pasa es que los bancos se cuidan muy mucho de meternos una cláusula por la que nos comprometemos a hacernos cargo de ese gasto (y de todos los demás).
Te doy un dato curioso: mira las autoliquidaciones de IAJD de cuando compraste e hipotecaste tu piso. Verás que la autoliquidación asociada a la escritura de "compraventa" va a tu nombre y posteriormente la gestoría te dió el original de esa autoliquidación. En cambio, de la autoliquidación de IAJD asociadas a la escritura de "hipoteca" tendrás, en el mejor de los casos, una fotocopia (el original se lo quedó el banco) y, además, va a nombre del banco. Ojo: si compras y te subrogas a la hipoteca del promotor tienes una única escritura y una única autoliquidación, así que en ese caso no se aprecia esto.
Por tanto, la buena notícia es que, si hacienda revisa esa autoliquidación, le exigirá el IAJD al banco y no a vosotros. El problema puede estar en que el banco os quiera repercutir el pago, acogiéndose a alguna de esas cláusulas escoba, por las que nos obligan a hacernos cargo de cualquier gasto imprevisto.
Jacob: depende la Comunidad Autónoma. En Cataluña (creo que es tu caso) está en el 1%. La base sobre la que se aplica ese % es la "responsabilidad hipotecaria", que suele oscilar el 150% del importe del préstamo. En tu caso, no sé cómo quedará esa cifra tras la subrogación. Revisa las escrituras, pues debería de ponerlo.